Zgodnie ze wspólną deklaracją Ku strategicznemu partnerstwu między Japonią i Polską, jaką premier Japonii Junichiro Koizumi ogłosił razem z premierem Polski, Leszkiem Millerem podczas swojej wizyty w Polsce w sierpniu 2003 roku, Japonia i Polska zdecydowały o dalszym przekształcaniu tradycyjnie przyjaznych stosunków w partnerstwo strategiczne.
W 2006 r. Minister Spraw Zagranicznych Japonii, Taro Aso, nakreślił nową wizję japońskiej dyplomacji, którą nazwał „Łukiem wolności i dobrobytu”. Ważne miejsce zajęła w niej Polska, podzielająca uniwersalne wartości, takie jak demokracja, wolność, prawa człowieka, praworządność oraz gospodarka rynkowa.
W oparciu o powyższe postanowienia, oba kraje rozwijają współpracę w celu zagwarantowania stabilizacji i dobrobytu na świecie. Japonia i Polska działają razem na rzecz odbudowy oraz zapewnienia bezpieczeństwa w Afganistanie i Iraku. Aby wspomóc kształcenie nowych kadr (hitozukuri) i wprowadzanie gospodarki rynkowej na Ukrainie, wspierają tworzenie systemu edukacji na odległość poprzez Polsko-Japońską Wyższą Szkołę Technik Komputerowych (PJWSTK) – uczelnię, która powstała i rozwija się dzięki pomocy finansowej ze strony japońskiej. Japonia i Polska prowadzą także ścisły dialog polityczny i współpracują na arenie międzynarodowej, na przykład na forum ONZ, czy w ramach grupy V4+1 (państwa Grupy Wyszehradzkiej i Japonia) lub ASEM (Asia-Europe Meeting).
Takie oto ścisłe związki znalazły potwierdzenie podczas obchodów 50. rocznicy wznowienia stosunków dyplomatycznych pomiędzy Japonią i Polską w 2007 roku. W maju miała miejsce wymiana not dyplomatycznych pomiędzy premierami i ministrami spraw zagranicznych. Również w maju wizytę w Polsce złożył ówczesny minister spraw zagranicznych Taro Aso. Związki te nadal trwają, o czym świadczą częste wizyty na wysokim szczeblu. W październiku 2008 roku z wizytą w Japonii przebywał minister spraw zagranicznych Polski Radosław Sikorski. Podczas rozmów ministrów spraw zagranicznych zadeklarowano dalszy rozwój stosunków dwustronnych, opublikowane zostało także wspólne oświadczenie, w którym wymienione zostały konkretne dziedziny współpracy.
W czasie rozmów na szczycie podczas wizyty w Japonii prezydenta Lecha Kaczyńskiego w grudniu 2008 roku osiągnięto porozumienie w sprawie dalszej współpracy na rzecz stabilizacji i dobrobytu społeczności międzynarodowej w oparciu o fundament tradycyjnie przyjaznych stosunków japońsko-polskich.
W marcu 2009 roku, dla upamiętnienia 90. rocznicy nawiązania stosunków dyplomatycznych między Japonią i Polską, odbyła się ceremonia przekazania listów gratulacyjnych pomiędzy premierami i ministrami spraw zagranicznych naszych krajów.
Po 1989 r. Japonia udzieliła Polsce w wielu dziedzinach wsparcia technologicznego, którego trzon stanowiły hitozukuri oraz pożyczki bezzwrotne, aby pomóc jej w płynnym przejściu do systemu demokracji i gospodarki rynkowej. Łączna kwota tej pomocy, wliczając w to granty kulturalne, wyniosła około 220 mln euro. Obecnie Japonia rozwija współpracę z Polską, która stawia pierwsze kroki jako kraj udzielający pomocy.
W szczególności przez kilka ostatnich lat od wstąpienia Polski do Unii Europejskiej gwałtownie wzrasta liczba inwestycji dokonywanych przez japońskie przedsiębiorstwa. Środki masowego przekazu podają, że w roku 2006 kwota inwestycji japońskich wyniosła około 800 mln euro, co jest niemal równe łącznej kwocie inwestycji firm japońskich w ciągu poprzednich 15 lat do roku 2005. Od 2007 roku napływają do Polski kolejne inwestycje ze strony japońskich przedsiębiorstw. W październiku 2008 roku Polsce działały 232 firmy z Japonii, z których 73 to wykorzystujące najnowsze technologie fabryki, produkujące m. in. silniki samochodowe, opony oraz telewizory ciekłokrystaliczne. Tworząc nowe miejsca pracy, wydatnie przyczyniają się do wzrostu polskiego eksportu i rozwoju gospodarczego.
Obroty handlowe między Japonią i Polską wzrosły w ciągu siedmiu lat (2001-2008) 5,7 raza i wyniosły 2,5 miliarda dolarów w 2008 roku.
W czerwcu 2008 roku z wizytą w Polsce przebywała delegacja Japońskiej Federacji Biznesu pod przewodnictwem prezesa tej organizacji, Fujio Mitarai. Członkowie delegacji spotkali się z prezydentem Lechem Kaczyńskim i innymi ważnymi przedstawicielami władz polskich, co świadczy o tym, jak wiele uwagi przedsiębiorstwa japońskie poświęcają polskiemu rynkowi.
Oczekuje się, że w przyszłości Japonia i Polska nawiążą szeroką współpracę w dziedzinach takich jak ochrona środowiska (wdrażanie wytycznych protokołu z Kioto), energetyka, współpraca naukowo-techniczna oraz w zakresie programów na rzecz rozwoju, czy też promocja obustronnego ruchu turystycznego. Przy wsparciu finansowym ze strony Japonii powstało Polsko-Japońskie Centrum Efektywności Energetycznej. Pomaga ono przedsiębiorstwom w efektywnym wykorzystaniu energii, co obecnie jest w Polsce wysoce pożądane. W październiku 2008 roku pomiędzy Japonią i Polską podpisane zostało Wspólne Oświadczenie dotyczące Systemu Zielonych Inwestycji (GIS) oraz Wspólnych Wdrożeń (JI) w oparciu o ustalenia Protokołu z Kioto. W czerwcu 2007 roku odbyły się 6. Międzyrządowe Japońsko-Polskie Konsultacje do spraw Współpracy Naukowo-Technicznej, podczas których zgodzono się w kwestii intensyfikacji dalszych działań obu krajów w tej dziedzinie.
Jeżeli chodzi o turystykę, coraz więcej Japończyków odwiedza Polskę, kraj, który posiada na swoim terytorium 13 zabytków światowego dziedzictwa UNESCO oraz może się poszczycić długą historią i bogatą kulturą. W roku 2000 Polskę odwiedziło 26410 turystów z Japonii, zaś w 2007 roku było ich już 47500. Pod koniec października 2007 roku w Warszawie odbył się Japan Week, organizowany przez International Friendship Foundation i m. st. Warszawa. Wzięło w nim udział ponad 1200 osób z Japonii, czyniąc zeń okazję do aktywnej wymiany na szczeblu obywatelskim, obejmującej wiele dziedzin, między innymi kulturę i sztuki walki.
Historia związków pomiędzy Japonią i Polską jest prawdziwą historią przyjaźni i dobrej woli, o czym można się przekonać czytając „Wybrane epizody w historii stosunków japońsko-polskich”. Zainteresowanie Polski Japonią znacznie wzrosło wraz z wybuchem wojny rosyjsko-japońskiej. W tym czasie dwaj polscy politycy, Roman Dmowski i Józef Piłsudski odwiedzili Japonię. Po 1920 r., dzięki wysiłkom Japońskiego Czerwonego Krzyża, około 800 polskich dzieci z Syberii zostało przyjętych i wyleczonych w Japonii, a następnie odesłanych do Polski. Zapoczątkowane wówczas kontakty trwają do dziś. W 1995 do Polski zostały zaproszone dzieci japońskie, które ucierpiały w wyniku wielkiego trzęsienia ziemi w Kobe. Bardzo wzruszające było ich spotkanie z żyjącymi przedstawicielami Dzieci Syberyjskich.
W czasie II Wojny Światowej, Chiune Sugihara, wicekonsul w Konsulacie Japonii w Kownie, ocalił od śmierci wielu Żydów, wydając im „wizy życia”. Większość z nich była polskiego pochodzenia. Brat Zenon Żebrowski, który przybył do Japonii razem z ojcem Maksymilianem Kolbe, nie ograniczał się do głoszenia wartości franciszkańskich, lecz poświęcił się niesieniu pomocy japońskim sierotom, starcom i niepełnosprawnym.
Początki wzajemnego zainteresowania kulturą biorą swój początek w cennych badaniach polskiego etnologa, Bronisława Piłsudskiego, nad kulturą ludu Ajnu. Nauczanie japońskiego i badania japonistyczne mają w Polsce długą tradycję i prężnie się rozwijają. W 1919 r. na Uniwersytecie Warszawskim otwarty został kurs języka japońskiego, kolejne ośrodki badawczo-dydaktyczne powstają w różnych miejscach kraju, m. in. w Krakowie, Poznaniu, Łodzi i Toruniu. W styczniu 2009 roku, w ramach programu Japońskiego Wolontariatu Kulturalnego do Polski oddelegowanych zostało sześcioro wolontariuszy, którzy będą uczyć japońskiego i promować kulturę Japonii w różnych miejscach kraju.
Polacy wykazują wiele zainteresowania elementami kultury Japonii, takimi jak ceremonia parzenia herbaty, aktywnie uprawiane są także sztuki walki np. judo, karate aikido czy kendo. Za sprawą działalności takich instytucji jak Centrum „Manggha” w Krakowie, powstałego dzięki wysiłkom słynnego reżysera Andrzeja Wajdy, jego małżonki Krystyny Zachwatowicz oraz wielu innych osób, coraz aktywniej prowadzona jest wymiana kulturalna. W Centrum można także oglądać wystawy najnowszych technologii japońskich.
W takiej oto atmosferze ścisłych kontaktów w sferze kultury pomiędzy oboma narodami obchodzono w 2007 roku 50. rocznicę wznowienia stosunków dyplomatycznych pomiędzy Japonią i Polską, w ramach której zorganizowanych zostało wiele imprez jubileuszowych, co pozwoliło Japończykom i Polakom lepiej poznać się nawzajem. Z okazji przypadającej w 2009 roku 90. rocznicy nawiązania stosunków dyplomatycznych między Japonią i Polską planowanych jest wiele wydarzeń jubileuszowych. Oczekuje się, że przyczynią się one do dalszego rozwoju wymiany obywatelskiej oraz wzmocnienia fundamentów, na których oparte są nasze stosunki dwustronne.